Đất trồng và nước là thành phần không thể thiếu, mang lại sự sống cho cây là mối quan tâm hàng đầu của nghệ nhân bonsai. Tùy theo từng cây bonsai mà nghệ nhân chọn ra một loại đất phù hợp. Tuy nhiên lựa chọn loại đất cho bonsai cũng phải tuân theo những nguyên lí cơ bản sau: Với hai loại đất trồng bonsai: là vô cơ và hữu cơ, dù đất trồng vô cơ hay hữu cơ cũng phải đảm bảo rằng chúng có khả năng giữ nước và thoát nước tốt, hội tụ đầy đủ nước, chất dinh dưỡng và muối khoáng. Bonsai không cần nhiều đất như những loại cây khác, chỉ một chút đất để phát triển sự sống nhưng phải hội tụ những yếu tố trên. Đất vô cơ có thể trữ một lượng nước nhất định làm cân bằng lượng nước thừa ở đáy chậu.Tuy nhiên đất hữu cơ sẽ tốt cây bonsai hơn bởi chúng trữ nước, chất dinh dưỡng tốt. Chúng ta có thể tạo ra đất hữu cơ khá dễ dàng thông qua những thành phần có sẵn trong vườn như lá cây, vỏ cây hoặc từ những nguồn khác đem trộn lại với nhau. Hơn hết để có được chậu bonsai khiến nhiều người mê hoặc ta có thể dùng loại đất chứa 50% sỏi và 50% mùn. Bên cạnh đất, nước cũng cần thiết để cây tồn tại, nhưng một lượng nước tưới phù hợp sẽ giúp cây phát triển tốt tươi và ngược lại tưới quá nhiều nước cây bonsai sẽ úng rễ. Do vậy việc thoát nước cần phải được quan tâm kỹ lưỡng. Những viên đá nhỏ được trộn lẫn trong đất là sự kết hợp hoàn hảo để đẩy lượng nước dư thừa ra khỏi chậu, thông qua những khoảng không mà các viên sỏi tạo nên. Bên cạnh đó, hệ thống thoát nước còn giúp cây hấp thụ tốt không khí trong môi
